> どのように対処すれば良いでしょうか。
さしあたって検証したところ
ゾロ目の場合が上手く振る舞わないようです。
技術的なものは tDB さんの登場を待つことになりますが、
お急ぎであれば\Hako のパラメータの一部を
{}でくくることで回避はできそうです。

\documentclass[fleqn]{jarticle}
%
\usepackage{color}
\usepackage{hako}
%
\begin{document}
%初期化
\hakosyokika
\centermodetrue
\hakosenhaba{1.25pt}
\openHakoKaiFile
%問題文
順列
${}_{\Hako'1{1}'}${\large P}$\!{}_{\Hako'8'}$
の計算結果として...\\
\\
不定方程式 
$x+y+z+v+w=12$の自然数解の組は、
全部で$\Hako'3{3}0'$組であり、...\\
%問題文
\\
\vspace{-1zw}\\
\closeHakoKaiFile
%
\HakoKaiKata{t}
\hakokaisyotai{\color{red}\ensuremath}
\inputHakoKaiFile
\end{document}

▼関連発言
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└◆439:\Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/15 23:14
　├◆441:Re:\Hako解答枠内の文字色について。 [田中徹] 12/16 12:41
　└◆442:Re:\Hako解答枠内の文字色について。 [tDB] 12/16 15:13
　　└◆451:Re[2]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/16 23:42
　　　├◆452:Re[3]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/17 00:09
　　　│├◆454:Re[4]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [田中徹] 12/17 00:22
　　　││└◆456:Re[5]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/17 01:04
　　　│└◆459:Re[4]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [tDB] 12/17 11:39
　　　│　└◆466:Re[5]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/18 04:57<-last
　　　└◆453:Re[3]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [田中徹] 12/17 00:09
　　　　└◆455:Re[4]:＼Hako解答枠内の文字色について。 [Boo] 12/17 00:57