ファイル名に _ が使えない，ということではありません。
お示しのリストの１ページ目では
    \jobname
は
    hoge_02
となっています。これを直に
    \lfoot[]{\jobname .tex}
で出力しようとするから

> ! Missing $ inserted.

と怒られるのです。\jobname を修正して
    hoge\_02
としてやれば文句は言われません。
この種の置き換えはほかでも必要かもしれませんから
　　emathC.sty v 0.64 2008/10/01 
で
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% \okikae#1#2#3#4
%   文字列 #1 に含まれる文字 #2 を #3 で置き換えた文字列を
%   #4 の制御綴に返す。
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
を作りました。これを利用して

\lfoot[]{\okikae{\jobname}{_}{\_}\tmpjobname\tmpjobname .tex}

とすれば通るでしょう。

emathC.sty v 0.64 2009/10/04 は
http://emath.s40.xrea.com/temp/C64sty.zip
に置きます。

▼関連発言
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└◆7569:emathRについて [中西] 09/30 16:21
　└◆7570:Re:emathRについて [tDB] 09/30 16:55
　　├◆7571:Re[2]:emathRについて [中西] 09/30 17:46
　　└◆7572:Re[2]:emathRについて [tDB] 10/01 13:18
　　　└◆7576:Re[3]:emathRについて [中西] 10/02 17:48
　　　　└◆7577:Re[4]:emathRについて [tDB] 10/02 19:26<-last