拝見しました。
これは pict2e の問題ではなくて
dvipdfmx の問題でしょう。
お示しのリストを
    [dvips]
オプションに変更して作成した ps ファイル，
さらには Distiller で作成した pdf 
では，ご指摘の現象は見られません。

dvipdfmx の tpic-specials 解釈は，
emath から言わせれば問題ありです。

しかし，このような細かいことが気になるということなら
    tpic-specials 
を捨てて
    PostScript
を使われた方が良いでしょう。
おまけ付きで下のリストはいかがでしょうか。

% --- re5787.tex ---------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage[dvipdfm]{emathPs}
\usepackage{emathPb}
\usepackage[dvipdfm]{pict2e}
\begin{document}
\begin{pszahyou}[ul=10pt](-3,5)(-5,5)
\def\ll{(X-1)*(X+1)*(X-3)}
\YGurafu\ll\xmin\xmax
\end{pszahyou}

\begin{EMpsrectbox}[rectboxoval=6pt,backgroundcolor=cyan,borderwidth=1pt]
\repeatstr{TEXT }{20}
\end{EMpsrectbox}
\end{document}

▼関連発言
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└◆5783:pict2eとの併用 [shoshin] 03/11 14:43
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　　└◆5785:Re[2]:pict2eとの併用 [shoshin] 03/11 15:43
　　　└◆5786:Re[3]:pict2eとの併用 [tDB] 03/11 16:09
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　　　　　└◆5789:Re[5]:pict2eとの併用 [tDB] 03/11 17:34
　　　　　　└◆5792:Re[6]:pict2eとの併用 [shoshin] 03/11 18:06
　　　　　　　└◆5814:Re[7]:pict2eとの併用 [shoshin] 03/12 15:43
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　　　　　　　　　└◆5817:Re[9]:pict2eとの併用 [shoshin] 03/12 16:40<-last