> 解決したと思ったのですが，うまくいかないことが出てきました。
> たぶん，小文字と大文字の差だと思うのですが，

文字種が異なるものだけでなく
文字数が異なる場合もあり得ますね。

> これは，うまくする方法はあるでしょうか。
> \parbox{1em}{}をつかえばと思っていますが？

適切な幅は自分で管理することを前提にしたソースです。
\makebox[幅][位置(デフォルトは c )]{文字列}を使用しました。

\eda{} の{}の半角空白は除いてあります。

\documentclass[b5j,fleqn]{jsarticle}
\usepackage{emathZ}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\zyukeizuEdaNagasa{25}
\caprm
%
\edahutosa{0pt}%
\makebox[1em]{$a$}%
\begin{zyukeizu}
\eda{\makebox[2em]{$b$}%
 \begin{zyukeizu}
  \eda{\makebox[2em]{$c$}}%
 \end{zyukeizu}
}
\end{zyukeizu}

\edahutosa{.4pt}%
\makebox[1em]{A} %
\begin{zyukeizu}
\eda{\makebox[2em]{A}%
 \begin{zyukeizu}
  \eda{\makebox[2em][r]{9 } }
  \eda{\makebox[2em][r]{10 } }
 \end{zyukeizu}}
\eda{\makebox[2em]{B}%
 \begin{zyukeizu}
  \eda{\makebox[2em]{$A_{1}$}}
  \eda{\makebox[2em]{$B_{2}$}}
 \end{zyukeizu}}
\end{zyukeizu}
\end{document}

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