genio さん，皆さん，こん○○は(*^^)v飯島です．

> 下ソースでのx,y,zの位置をうまく調節できる方法はあるでしょうか。

x，y，z も zyukeizu 環境で書いてみてはどうでしょうか？
その際，枝の太さを調節しています．

\documentclass[b5j,fleqn]{jsarticle}
\usepackage{emathZ}
\pagestyle{empty}
\begin{document}

\hspace{20pt} $x$\hspace{20pt} $y$\hspace{23pt} $z$

\zyukeizuEdaNagasa{25}
%
\edahutosa{0pt}%
\begin{zyukeizu}
 \eda{%
  $x$%
  \begin{zyukeizu}
   \eda{%
    $y$%
    \begin{zyukeizu}
     \eda{$z$}%
    \end{zyukeizu}
   }
  \end{zyukeizu}
 }
\end{zyukeizu}

\edahutosa{.4pt}%
\begin{zyukeizu}
\eda{1%
\begin{zyukeizu}
\eda{1%
\begin{zyukeizu}
\eda{3}
\end{zyukeizu}
}%
\eda{2%
\begin{zyukeizu}
\eda{2}
\end{zyukeizu}%
}
\eda{3%
\begin{zyukeizu}
\eda{1}
\end{zyukeizu}
}%
\end{zyukeizu}
}%
%
\eda{2%
\begin{zyukeizu}
\eda{1%
\begin{zyukeizu}
\eda{2}
\end{zyukeizu}
}%
\eda{2%
\begin{zyukeizu}
\eda{1}
\end{zyukeizu}
}%
\end{zyukeizu}
}%
\eda{3
\begin{zyukeizu}
\eda{1\begin{zyukeizu}
\eda{1}
\end{zyukeizu}}
\end{zyukeizu}
}
\end{zyukeizu}
\end{document}

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