js*.cls を用いる場合，
標準の10pt以外のサイズオプションを指定するときは
geometry.sty が対応していません。
cm, in, pt, ....
の代わりに
truecm, truein, truept, ...
を用いるとおおむね望みに近い状態となりますが，
細かいところで違いが出るようです。

下のリスト
ex1.tex は jarticle の場合
ex2.tex は jsarticle の場合
ex3.tex は jsarticle で truept などを使用した場合
のタイプセット結果を比較してみてください。

なお，話題は emath から離れていますが，
emath でも，サイズ指定に true... を用いるべきところが多々あります。
私が js*.cls を使わないので，放置してありますが，
それが関係していると思しき現象が発生しましたらお知らせください。m(_ _)m

% --- ex1.tex -------------------------------------
\documentclass[a4j,12pt]{jarticle}
\usepackage[text={14cm,27cm},top=0.5in,left=1cm]{geometry}
\usepackage{layout}
\begin{document}
\layout
\end{document}

% --- ex2.tex -------------------------------------
\documentclass[a4j,12pt]{jsarticle}
\usepackage[text={14cm,27cm},top=0.5in,left=1cm]{geometry}
\usepackage{layout}
\begin{document}
\layout
\end{document}

% --- ex3.tex -------------------------------------
\documentclass[a4j,12pt]{jsarticle}
\usepackage[text={14truecm,27truecm},top=0.5truein,left=1truecm]{geometry}
\usepackage{layout}
\begin{document}
\layout
\end{document}

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