ご教示をいただき、どうもありがとうございました。

わたしも実験を行ってみることにいたしまして、
下記のソースに対して、dvipdfmx (pdf 生成のタイプセット)を試してみました。
その結果は、おっしゃる通りに、eps グラフィックに対しては、
（たとえ \includegraphics[clip=false]{} と指定しても、）
その BoundingBox: の値を見てクリッピングが施されていました。

\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\includegraphics[clip=false]{ex1.eps}
\hspace{1em}
\includegraphics[clip=false]{ex1.pdf}
\vskip1em
\includegraphics[clip=false]{ex1.pdf}
\hspace{1em}
\includegraphics[clip=false]{ex1.pdf}
\vskip1em
\includegraphics[clip=false]{ex2.eps}
\hspace{1em}
\includegraphics[clip=false]{ex2.eps}
\end{document}

なお、ex1.eps の内容は、ご教示のものと同一です。
ex1.pdf は、ex1.eps を単純変換したものです。
ex2.eps の内容は下記です。
%!PS-Adobe-3.0 EPSF-3.0
%%BoundingBox: 0 0 54 54
/emathsave save def
 0 0 0 setrgbcolor
4 setlinewidth
newpath
newpath
2  2 moveto
52 2 lineto
52 52 lineto
2 52 lineto
closepath stroke
showpage
emathsave restore
%%EOF

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