> ワーニングですから，気にしないことにしています。

とはいったものの，この際ですから出ないようにする試みをしてみます。
内側の array(tabular) で，欄指定子に L, C, R を使うことは
ほとんどないでしょうから，emathT で拡張した array(tabular) ではなく，
本来のそれを使えば回避できます。

本来の array(tabular) は
       emTarray(emTtabular)
という名称で保存してありますから，ネストの内側ではそれを用いるのが
回避法です。
ただし
    http://emath.s40.xrea.com/temp/T40sty.lzh
を前提とします。

確認リストです：

% --- re3606.tex ------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathT}[2005/09/24]

\begin{document}
\renewcommand\arraystretch{1.5}
\[\begin{hyou}{|c||*{9}{C{2.25zw}|}}\hline
    x & -2 & \cdots &-\sqrt2 & \cdots & 0 & \cdots 
      &\sqrt2 & \cdots & 2\\\hhline{|=#*9{=|}}
    y'& \sya &-&0&\multicolumn{3}{c|}{+}&0&-&\sya
      \\\hline
    y''&\sya &\multicolumn{3}{c|}{+}&0
      &\multicolumn{3}{c|}{-}&\sya\\\hline
    y & 0 & \SEE 
      &\begin{emTarray}{c} -2\\[-.75zh]極小\end{emTarray}
      & \NEN
      &\begin{emTarray}{c} 0\\[-.75zh]変曲点\end{emTarray}
      & \NEE 
      &\begin{emTarray}{c} 2\\[-.75zh]極大\end{emTarray}
      & \SES &0\\\hline
\end{hyou}\]
\end{document}

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