下のリスト re5445b.tex をタイプセットした結果を
　　re5445a.tex
の結果と比較してみてください。
縦ピッチが違いますね。
No.5445 のご発言からすると，こちら (re5445b) の方をお望みのように思います。

さて，5445a, 5445b の違いは，使用クラスが
     article, jarticle
の違い，すなわち
     欧文，和文
で縦ピッチが異なることに起因しています。

どちらをとるべきでしょうね。
    1) 和文であるから，数式も和文のピッチで統一
    2) 数式は欧文ピッチ

emath は，後者をデフォルトとしています。---> re5445c.tex
emath で，前者にするにはロードオプション [normallineskip] を用います。
                                        ---> re5445d.tex

[normallineskip]オプションを使うか否かは，
お使いの方の感覚でしょうか。

参考：奥村先生の Q&A
    21252, 21294, 21299, 21310

以上，縦ピッチでした。
続いて横間隔です。

% --- re5445b.tex -------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{amsmath}

\begin{document}
\[ 
  \begin{vmatrix}
    1 & 2 & 3 \\
    4 & 5 & 6 \\
    7 & 8 & 9
  \end{vmatrix}
\]
\end{document}
% --- re5445c.tex -------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}

\begin{document}
\[ 
  \begin{vmatrix}
    1 & 2 & 3 \\
    4 & 5 & 6 \\
    7 & 8 & 9
  \end{vmatrix}
\]
\end{document}
% --- re5445d.tex -------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage[normallineskip]{emath}

\begin{document}
\[ 
  \begin{vmatrix}
    1 & 2 & 3 \\
    4 & 5 & 6 \\
    7 & 8 & 9
  \end{vmatrix}
\]
\end{document}

▼関連発言
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