> <apnenum=　>を付加しても番号付けが正常に行われるようにするには
> どうしたらよいでしょうか。
enumerate 環境の [(1)] オプションに頼るのでなく
プリアンブル(全体で統一したいとき)に
\labelenumi(ii)(iii)を定義する案です。

emathMy.sty に好みのフォーマットを記述しておけば幸せになれそうです。

\documentclass{jarticle}
\usepackage[notMy]{emath}
\usepackage{emathEy,emathAe}
\listfiles
%\renewcommand{\labelenumi}{{\preitem\large\fbox{\bfseries\ {\arabic{enumi}}\ }}}%
\renewcommand{\labelenumii}{\preitem(\arabic{enumii})\ }%
\renewcommand{\labelenumiii}{{\preitem{\small(\protect\makebox[0.8em][c]{\roman{enumiii}})}}}%
\let\theenumi\labelenumi%
%\let\theenumii\labelenumii%
\let\theenumiii\labelenumiii%
\begin{document}
\openKaiFile
\begin{enumerate}[【問1】]
\item 下のそれぞれの問に答えよ。
                \begin{Kaitou} \end{Kaitou}
\begin{enumerate}<apnenum={\itemsep=2\baselineskip}>%オプションを付けない
\item $1+2$
        \begin{Kaitou}
                $3$
        \end{Kaitou}
\item $3\times 4$
        \begin{Kaitou}
                $12$
        \end{Kaitou}
\end{enumerate}

\end{enumerate}
\closeKaiFile
\hrule
\begin{center}\textbf{【解答】}\end{center}
\inputKaiFile
\end{document}

▼関連発言
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└◆5724:emathAeでの、enumerateでの番号づけ [zaza] 02/20 17:24
　└◆5726:Re:emathAeでの、enumerateでの番号づけ [田中徹] 02/20 18:27
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　　　├◆5735:Re[3]:emathAeでの、enumerateでの番号づけ [石原　守] 02/25 08:51
　　　└◆5736:Re[3]:emathAeでの、enumerateでの番号づけ [田中徹] 02/25 10:07
　　　　└◆5740:Re[4]:emathAeでの、enumerateでの番号づけ [zaza] 02/27 07:34<-last