さて，状況が今ひとつわからないのですが．．．．．
お示しのリストにおける2番目の zahyou環境では，3つのグラフが描画されます。
当方の環境で作成した PDF を
    http://emath.s40.xrea.com/temp/re7238.pdf
に置きます。

3つのグラフを識別するために，グラフに
    (2), (3), (4)
とラベルを付加しましたので，そのリストを下に記します。

あなたの環境では，3つのグラフは見えていますか？
見えているが，お望みのものと異なるのでしょうか。

% --- re7238.tex -------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathP}

\begin{document}
\begin{zahyou}
[
ul=1mm,
xscale=5,
yscale=.08,
yokozikukigou=$y$,
tatezikukigou=$MC$,
%gentenkigou={}
]
(0,20)(0,625)
\defcsvfunc\Fx{3,-36,162}
%
%
%
\YGurafu\Fx{0}{18}%(2)
\YTen\Fx{18}\P\Put\P[e]{(2)}
%
%
%
\defcsvfunc\Gx{1,-18,162}
%
%
%
\YGurafu\Gx{1}{18}%(3)
\YTen\Gx{18}\Q\Put\Q[se]{(3)}
%
%
%
\def\Fx#1#2{%
\Mul{#1}{#1}\yi
\Mul{18}{#1}\yii
\Div{200}{#1}\yiii
\Sub{\yi}{\yii}\yiiii
\Add{\yiiii}{162}\yiiiii
\Add{\yiiiii}{\yiii}#2}
%
%
%
\yGurafu\Fx{4.5}{18}%(4)
\Fx{18}\Ry\Put{(18,\Ry)}[ne]{(4)}
%
%
%
\oresen<%
sensyu=\hasen>%
{%
(0,54);(6,54);(6,0)}%
\xmemori{6}
\ymemori{54}
\ymemori{162}
\end{zahyou}
\end{document}

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