x=-1 で分割して「塗り」をさせていますから，当然の帰結ですね。
一気に塗る必要があります。
五角形の頂点を求めて，\Nuritubusi* をさせます。（図1）

こまかくいうと，
五角形の辺の内，下の図1における PA, QA のみを白塗りさせるべきでしょうから，
<syasentanmatu=..>オプションは使わずに，必要部分のみ白塗りするのが良いでしょう。（図2）

あっと，求める図の上半分だけの説明です。
同様に下半分も処理します。

% --- re7607.tex ------------------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{graphicx,color}
\usepackage{emathPp}
\usepackage{emathCap}
\usepackage{EMminipages}

\begin{document}
\begin{EMminipages}{*,*}
  \begin{center}
     \begin{zahyou}[ul=4mm](-5,5)(-5,5)
       \def\A{(-1,0)}
       \def\Fx{(-X-1)/sqrt(3)}
       \def\Gx{(X+1)/sqrt(3)}
        \YTen\Fx{\xmin}\P
        \YTen\Gx{\xmax}\Q
        \Nuritubusi*<syasentanmatu=1mm>{\A\Q\RT\LT\P}
       \YGurafu*\Fx
       \YGurafu*\Gx
      \tenretu**{A[s];P[w];Q[e];LT[w];RT[e]}%%% 説明用で実際は不要
     \end{zahyou}
     \fgEMcaption{}
  \end{center}
\EMminipagesbreak
  \begin{center}
     \begin{zahyou}[ul=4mm](-5,5)(-5,5)
       \def\A{(-1,0)}
       \def\Fx{(-X-1)/sqrt(3)}
       \def\Gx{(X+1)/sqrt(3)}
        \YTen\Fx{\xmin}\P
        \YTen\Gx{\xmax}\Q
        \Nuritubusi*{\A\Q\RT\LT\P}
        \Drawline<linethickness=5pt,iro=white>{\P\A\Q}
       \YGurafu*\Fx
       \YGurafu*\Gx
     \end{zahyou}
     \fgEMcaption{}
  \end{center}
\end{EMminipages}
\end{document}

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