> 原因がソースにあるのか、別の原因か分かりません。

あなたのソースにあります。

ログファイルに警告：
LaTeX Warning: mawarikomi環境を段落途中に配置しました。
が出ています。

それを回避したのが田中さんのリストです。

▼関連発言
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└◆9234:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [穂積] 09/07 22:19
　├◆9235:Re:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [田中徹] 09/07 23:19
　└◆9236:Re:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [tDB] 09/08 09:02
　　└◆9237:Re[2]:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [穂積] 09/09 00:54
　　　└◆9239:Re[3]:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [tDB] 09/09 11:04
　　　　└◆9245:Re[4]:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [穂積] 09/10 23:00
　　　　　├◆9246:Re[5]:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [田中徹] 09/10 23:45
　　　　　└◆9249:Re[5]:mawarikomiでemathAeを併用すると図が消える [tDB] 09/11 07:58
　　　　　　└◆9262:解決しました [穂積] 09/13 21:32<-last