プリアンブルに

\let\pmatrix\amspmatrix

を附加するとどうなるでしょう．

% ------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}

\let\pmatrix\amspmatrix%  pmatrix環境について，emath の修正を無効とする

\begin{document}
abc\footnote{$\retube xy$}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆1535:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:18
　├◆1536:Re:\footnote 内での \retube [Hiro] 08/06 17:38
　│└◆1537:Re[2]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:40
　│　└◆1538:Re[3]:\footnote 内での \retube [Hiro] 08/06 17:48
　│　　└◆1539:Re[4]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:53
　│　　　└◆1540:Re[5]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/06 19:48
　│　　　　└◆1544:Re[6]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 22:04
　│　　　　　└◆1545:Re[7]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/06 22:40
　│　　　　　　└◆1546:Re[8]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 22:54
　│　　　　　　　└◆1547:Re[9]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/07 07:46
　└◆1548:Re:\footnote 内での \retube [石原　守] 08/07 07:59
　　└◆1549:Re[2]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/07 10:28
　　　└◆1550:Re[3]:\footnote 内での \retube [石原　守] 08/07 11:00
　　　　└◆1551:Re[4]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/07 11:07<-last