> ちなみに dvi ファイルを Mxdvi で表示させると，こちらは正しく
> 括弧が付いた列ベクトルとなっています．
> (ps ファイルも大丈夫です)

ということになると，pdf を作成するソフト --- dvipdfm(x) ---
の問題ですね．
最新ですか ？

下のリストは emath とは無関係ですが，
これだと括弧は表示されるでしょうか．

% -----------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{amsmath}

\makeatletter
\def\retube#1#2{\begin{pmatrix} #1 \\ #2 \end{pmatrix}}%
\makeatother

\begin{document}
abc\footnote{$\retube xy$}
\end{document}

▼関連発言
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└◆1535:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:18
　├◆1536:Re:\footnote 内での \retube [Hiro] 08/06 17:38
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　　　　└◆1551:Re[4]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/07 11:07<-last