> プリアンブルに
> 
> \let\pmatrix\amspmatrix
> 
> を追加してみると，脚注の列ベクトルは両側とも
> 括弧がなくなってしまいました．

なんとまあ！

ところで，お使いのソフトは何でしょう．
その辺りに問題があると認識はされているようですが.....

dvipdfm or dvipdfmx or .....
(version ???)

dvi-ware によって結果が異なることはままあります。
その際に，私のとっている態度は
    dvips(k) によって作成される ps ファイルによって判断する，
というものです。
今回の問題について，No.1535 で提示されたリストから
上記方法で作成された ps ファイルには，脚注にはきちんと
両側に括弧がついています．
  すなわち emath側で対応すべき問題ではない，
と判断しています．

その上で，お使いの dvi-ware でも正しく表示できる方法
    -- バージョンダウン ---
を探ってみようか，ということで，
次のリストはどうなるでしょう．

% -------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emath}

\makeatletter
\let\pmatrix\amspmatrix
\def\retube#1#2{\begin{pmatrix} #1 \\ #2 \end{pmatrix}}%
\makeatother

\begin{document}
abc\footnote{$\retube xy$}
\end{document}

▼関連発言
│
└◆1535:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:18
　├◆1536:Re:\footnote 内での \retube [Hiro] 08/06 17:38
　│└◆1537:Re[2]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:40
　│　└◆1538:Re[3]:\footnote 内での \retube [Hiro] 08/06 17:48
　│　　└◆1539:Re[4]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 17:53
　│　　　└◆1540:Re[5]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/06 19:48
　│　　　　└◆1544:Re[6]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 22:04
　│　　　　　└◆1545:Re[7]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/06 22:40
　│　　　　　　└◆1546:Re[8]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/06 22:54
　│　　　　　　　└◆1547:Re[9]:\footnote 内での \retube [tDB] 08/07 07:46
　└◆1548:Re:\footnote 内での \retube [石原　守] 08/07 07:59
　　└◆1549:Re[2]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/07 10:28
　　　└◆1550:Re[3]:\footnote 内での \retube [石原　守] 08/07 11:00
　　　　└◆1551:Re[4]:\footnote 内での \retube [Harry] 08/07 11:07<-last