さっそくではございますが、機種依存文字の件は申し訳ございませんでした。
TeXと格闘しているうちに頭がぼ〜となってしまい、機種依存文字のことが頭からすっかり抜けておりました…

まず、字下げについてですが、私も\setlength{\parindent}{10pt}として試みましたが、
本文では字下げができるものの、くだんの囲みの中では字下げができないように思います。

\documentclass{jarticle}
\setlength{\parindent}{10pt}
\usepackage{itembbox}
\begin{document}
\begin{boxnote}
abc\\
abc\\

abc\par
abc
\end{boxnote}
\end{document}

もし私の勘違いでしたら申し訳ございません。
再びご教示いただけますと幸いです。

それから、欄外への書き込みの件ですが、\usepackage[papersize]{emath}がうまく読み込めないようです。
一応、
丸ごとパック
eepic.lzh
eclarith.lzh
eclbkbox.lzh
random.sty
ruby.sty
のすべてをダウンロードしたつもりですが、何か足りないものはございますでしょうか？
ご教示いただいたソースですが、コメント及びソースから察しいたしますに、
高さに関してはやはり手動で調整するしかないのでしょうか。
私もテーブルを使って試みておりましたが、もっとスマートな方法をご考案くださいましてありがとうございます。
タイプセットできるようになりましたら、さっそく使わせていただきます。

▼関連発言
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└◆3136:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/02 22:09
　├◆3137:Re:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/02 22:26
　│└◆3140:Re[2]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/02 23:35
　├◆3139:樹形図 [tDB] 06/02 22:32
　├◆3156:Re:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/03 21:20
　│├◆3158:Re[2]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/03 22:36
　││└◆3160:Re[3]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/03 23:01
　││　└◆3166:Re[4]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/04 11:05
　││　　└◆3176:Re[5]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/05 12:35
　││　　　└◆3179:Re[6]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/05 13:15
　│└◆3161:Re[2]:スケッチブック風の囲みについて [田中徹] 06/03 23:02
　│　└◆3162:Re[3]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/03 23:57
　│　　└◆3163:Re[4]:スケッチブック風の囲みについて [田中徹] 06/04 00:16
　│　　　└◆3164:Re[5]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/04 02:07
　├◆3177:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 12:37
　│└◆3178:Re:樹形図の脚注について [田中徹] 06/05 12:52
　│　└◆3183:Re[2]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 13:24
　├◆3181:boxnote環境内で傍注 [tDB] 06/05 13:19
　│└◆3184:Re:boxnote環境内で傍注 [オキ] 06/05 13:29
　│　└◆3186:Re[2]:boxnote環境内で傍注 [tDB] 06/05 13:53
　│　　└◆3187:Re[3]:boxnote環境内で傍注 [オキ] 06/05 16:11
　│　　　└◆3189:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/05 17:13
　│　　　　└◆3194:Re:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/05 19:33
　│　　　　　├◆3195:Re[2]:boxnote環境内で左注 [田中徹] 06/05 20:16
　│　　　　　│└◆3201:Re[3]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 00:09
　│　　　　　└◆3196:Re[2]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/05 20:19
　│　　　　　　└◆3202:Re[3]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 00:17
　│　　　　　　　└◆3207:Re[4]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/06 17:20
　│　　　　　　　　└◆3208:Re[5]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 21:08
　│　　　　　　　　　└◆3209:Re[6]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/06 21:22
　└◆3210:boxnote環境，右外に傍注 [tDB] 06/06 21:25
　　└◆3211:Re:boxnote環境，右外に傍注 [オキ] 06/07 00:26<-last