> (1)この囲みの内部では自動的に字下げができないように思います。

こちらは解決済みですね。

> (2)この囲みの内部で\marginparを使って(囲み内の)欄外への書き込みを

ご質問にあいまいなところがありますので，確認します。

A) boxnote環境，囲みで，本文の右側と右罫線の間に傍注を出す
B) boxnote環境，囲みの右罫線の右外に傍注を出す

言葉でははっきりしないかと思い，作例を
http://emath.s40.xrea.com/temp/re3160.pdf
に置きましたのでそれをごらんの上，
    A or B
のいずれをご希望なのかをお知らせください。

▼関連発言
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└◆3136:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/02 22:09
　├◆3137:Re:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/02 22:26
　│└◆3140:Re[2]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/02 23:35
　├◆3139:樹形図 [tDB] 06/02 22:32
　├◆3156:Re:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/03 21:20
　│├◆3158:Re[2]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/03 22:36
　││└◆3160:Re[3]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/03 23:01
　││　└◆3166:Re[4]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/04 11:05
　││　　└◆3176:Re[5]:スケッチブック風の囲みについて [オキ] 06/05 12:35
　││　　　└◆3179:Re[6]:スケッチブック風の囲みについて [tDB] 06/05 13:15
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　├◆3177:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 12:37
　│└◆3178:Re:樹形図の脚注について [田中徹] 06/05 12:52
　│　└◆3183:Re[2]:樹形図の脚注について [オキ] 06/05 13:24
　├◆3181:boxnote環境内で傍注 [tDB] 06/05 13:19
　│└◆3184:Re:boxnote環境内で傍注 [オキ] 06/05 13:29
　│　└◆3186:Re[2]:boxnote環境内で傍注 [tDB] 06/05 13:53
　│　　└◆3187:Re[3]:boxnote環境内で傍注 [オキ] 06/05 16:11
　│　　　└◆3189:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/05 17:13
　│　　　　└◆3194:Re:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/05 19:33
　│　　　　　├◆3195:Re[2]:boxnote環境内で左注 [田中徹] 06/05 20:16
　│　　　　　│└◆3201:Re[3]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 00:09
　│　　　　　└◆3196:Re[2]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/05 20:19
　│　　　　　　└◆3202:Re[3]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 00:17
　│　　　　　　　└◆3207:Re[4]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/06 17:20
　│　　　　　　　　└◆3208:Re[5]:boxnote環境内で左注 [オキ] 06/06 21:08
　│　　　　　　　　　└◆3209:Re[6]:boxnote環境内で左注 [tDB] 06/06 21:22
　└◆3210:boxnote環境，右外に傍注 [tDB] 06/06 21:25
　　└◆3211:Re:boxnote環境，右外に傍注 [オキ] 06/07 00:26<-last