どうも当方の dvipdfmx の環境に問題があったようです。
/usr/share/texmf/tex/latex/graphics/dvipdfmx-contrib-latex/dvipdfmx.def
に記されたバージョンは、tDBさんがお示しの dvipdfmx.def 1999/02/16 v3.0i
と同じなのですが、どういうわけか実際の中身には .xbb の記述が無く .bb 
しか書いてないのです。Momonga Linux でのパッケージングの時に、何らかの
混乱があったのでしょう。

そこで dvipdfmx.def を、現在 ctan にあるものに変更すると、.xbb は自動
生成されるようになりました。ただ、また問題が…

今度は図が右にずれます。古い dvipdfmx.def と手動生成の .bb のときには
正常 (.eps 読み込みのときと同じになる) だったのですが、dvipdfmx.def を
更新したら、図内のテキストの位置に対して、グラフィックの位置が少し右に
ズレるようになりました。

どうも当方の環境固有の問題のようですので、いったん emath を離れて 
dvipdfmx の環境を検証することにします。

▼関連発言
│
└◆8805:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/27 13:19
　└◆8807:Re:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/27 15:06
　　├◆8821:Re[2]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/28 01:41
　　│└◆8823:Re[3]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/29 03:20
　　└◆8822:Re[2]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/28 11:39
　　　├◆8824:Re[3]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/29 03:58
　　　│└◆8825:Re[4]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/29 07:21
　　　│　└◆8826:Re[5]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/29 12:34
　　　│　　└◆8827:Re[6]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/29 13:05
　　　│　　　└◆8828:Re[7]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/29 14:10
　　　│　　　　└◆8829:Re[8]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/29 14:55
　　　│　　　　　└◆8830:Re[9]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/29 16:53
　　　│　　　　　　└◆8833:Re[10]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/30 14:44
　　　└◆8831:Re[3]:emathPs と PDF形式 [トノ] 04/29 17:16
　　　　└◆8832:Re[4]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/29 17:25
　　　　　├◆8834:Re[5]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/30 15:01
　　　　　│└◆8835:Re[6]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/30 15:09
　　　　　│　├◆8836:Re[7]:emathPs と PDF形式 [tDB] 04/30 17:48
　　　　　│　└◆8837:Re[7]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 04/30 18:15
　　　　　│　　└◆8838:Re[8]:emathPs と PDF形式 [tDB] 05/01 07:09
　　　　　│　　　└◆8839:Re[9]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 05/01 18:52
　　　　　│　　　　└◆8840:Re[10]:emathPs と PDF形式 [tDB] 05/01 19:27
　　　　　│　　　　　└◆8841:Re[11]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 05/01 23:51
　　　　　│　　　　　　└◆8842:Re[12]:emathPs と PDF形式 [Tawassy] 05/02 03:26
　　　　　│　　　　　　　└◆8843:Re[13]:emathPs と PDF形式 [tDB] 05/02 08:59
　　　　　└◆8871:emathでグラフが描出できません [hiro] 05/26 16:41
　　　　　　├◆8872:Re:emathでグラフが描出できません [tDB] 05/26 17:01
　　　　　　│└◆8873:Re[2]:emathでグラフが描出できません [hiro] 05/26 17:08
　　　　　　└◆8874:Re:emathでグラフが描出できません [tDB] 05/26 17:26
　　　　　　　└◆8875:Re[2]:emathでグラフが描出できません [hiro] 05/26 17:39
　　　　　　　　└◆8876:Re[3]:emathでグラフが描出できません [tDB] 05/26 18:11
　　　　　　　　　└◆8877:Re[4]:emathでグラフが描出できません [hiro] 05/26 18:28<-last