責任転嫁をすることで一応の解決です。

結論を述べる前に状況の確認です。

下のリストを re8829.tex として，以下の議論を進めます。

1) re8829.tex をタイプセット，dvipdfmx で pdf を作りますと，
　座標平面は \fbox で作って罫線枠にぴったり納まります。

2) re8829.tex を step2 の状態に修正したうえで，
　タイプセット，dvipdfmx で pdf を作りますと，
　座標平面は \fbox で作った罫線枠から半角空白分だけ右に飛び出します。

3) もう一度タイプセットして dvipdfmx で pdf を作りますと，
　あら不思議，図は正しい位置に納まっています。

ということで，責任転嫁をしたくなりました。
dvipdfmx.def の 111行目でしょうか
    \immediate\write18{extractbb \Gin@base\Gin@ext}
という行があります。その前後を示すと

  \immediate\openin\@inputcheck#1 %
  \ifeof\@inputcheck
    \immediate\write18{extractbb \Gin@base\Gin@ext}
    \immediate\openin\@inputcheck#1 %
  \fi

この行末に % 一文字を付加して
    \immediate\write18{extractbb \Gin@base\Gin@ext}%
と修正した上で，上の 1)〜2) を実行すると 2) におけるズレは発生しません。

% --- re8829.tex ---------------------------------------------
\documentclass[a4j]{jarticle}
%   pdf を使いたい，というのは dvipdfmx を想定しているのでしょうから
%   graphicx, color には [dvipdfmx] オプションをつけるのでしょう。
  \usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
  \usepackage[notMy]{emath}
% step1 ------------------------------------------
% emathPs.sty を普通にロードして eps を作る。
  \usepackage{emathPs}
% step2 ------------------------------------------
% emathPs.sty に [final,pdf] オプションを付加して 
%   pdf が作られていないか，eps よりも古い場合は
%      eps → pdf 変換をして
%   eps ではなく，pdf を読み込む。
%  \usepackage[final,pdf]{emathPs}
%
\begin{document}
\noindent
01234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789\par

\noindent
\fboxsep=0pt\relax
\fbox{\begin{pszahyou}[ul=30mm](-2,2)(-2,2)
  \tenretu{A(1,0)se}
  \En\O{1}
\end{pszahyou}}

\noindent
01234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789\end{document}

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