> コマンドプロンプトで指示をするのはなぜか．
> コマンドプロンプトで-shell-escape　*******.texというのは
> コンパイルするときに毎回その作業をしなければならないのか．

毎回コマンドプロンプトで操作するのは大変です。WinShellを使用されているようなの
で、WinShellのボタン操作により
platex -shell-escape foo.tex
を実行する方法を紹介します。

WinShell(最新版は3.3.1.11)をインストールしたとして、WinShellを次のように設定し
ます。
1. メインバー「オプション」→「ユーザー指定プログラム」を開き、Tool 1(Tool 2等
   でもよい)を次のように設定します。
   プログラム名  :pLaTeX -shell-escape
   exeファイル名 :platex -shell-escape
   「DOS」はチェックオフしておくと、コンパイル時に経過が見れる。
   コマンドライン:%s
   「LaTeXを先に実行」,「PDFLaTeXを先に実行」,「DVIPSを先に実行」も
   全てチェックオフ
   そしたら「OK」を押す。
2. メインバー「オプション」→「表示」→「ユーザー設定」を開き、「カテゴリ」の
   「ユーザー指定プログラム」を選択する。「ボタン:」の「pLaTeX -shell-escape」
   をマウスでドラッグし、ツールバーの好きな場所にドロップする。(歯車2個が描か
   れたアイコンが生成される。)「閉じる」を押す。
3. foo.texを開いた上で、ツールバーの上記のボタンを押すと
   platex -shell-escape foo.tex
   が実行される。以上

尚、

> コマンドプロンプトで-shell-escape　*******.texを指示せずに
> WinShellでコンパイルすると，座標平面だけがあらわれ，グラフがでてこないのはそういうものなのか．

→グラフ描画や複雑な計算の際にはperl連携即ち-shell-escapeオプションが必要

> コマンドプロンプトで-shell-escape  *******.texとしてコンパイルすると，
> 行間が狭くなり，分数が重なって表示されてしまうのはなぜか．

→私にはよく分からないですが、問題点を例示するtexファイルを例示することで、識者
  からの回答を頂けるかもしれないです。

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