> 行間が狭くなり，分数が重なって表示されてしまうのはなぜか．

下のリストをタイプセットするとどうなりますか。
私の環境では「分数が重なって表示」されません。
ご指摘の現象が実現するリストをお示しください。

% --- re9101.tex -------------------------------------------
\documentclass{jarticle}
\usepackage{emathPp}

\begin{document}
\repeatstr{□}{90}
$\bunsuu{\sqrt2}{2}$
\repeatstr{□}{31}% jarticle
$\bunsuu{\sqrt2}{2}$
\repeatstr{□}{90}
\end{document}

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